近日,结构基因组学联盟(Structural Genomics Consortium,以下简称“SGC”)联合来自30家组织的78位研究者,在《自然综述:化学》(Nature Reviews Chemistry)上共同发布了一项全球开放科学倡议“Target2035”的新路线图《蛋白质-配体数据支持机器学习的规模化研究》(以下简称“路线图”)。该路线图旨在推动以计算研究为核心的药物发现进程,这不仅标志着“Target2035”全球倡议第二阶段的启动,同时也描绘出未来药物研发的全新图景:到2035年,为每一种人类蛋白质开发专属药理学工具。
Target2035:驱动药物研发范式革新
“Target2035”是由SGC发起的一项全球开放科学倡议,其目标是在2035年前为每一种人类蛋白质提供药理学工具。该倡议得到了全球众多合作伙伴的积极支持。第一阶段(2020-2025)的主要任务是筛选优质的化学和生物调节剂,并测试针对各类蛋白质的规模化药物发现技术。2025年,“Target2035”将进入第二阶段,提出将化合物发现转变为以计算和数据为驱动的探索,而此次发布的路线图详细阐述了实现这一转变的步骤。该路线图的核心理念是通过开放合作生成符合FAIR(可查找、可访问、可互操作、可复用)原则的大规模高质量数据集,利用机器学习(ML)推动药物发现,甚至涵盖未被充分研究的“冷门靶点”。
环亚集团·AG88的积极参与
成都先导(HitGen)作为“Target2035”全球协作计划的重要参与者,专注于药物发现领域,通过自身的努力推动早期药物研发的规模化革新。2023年9月,成都先导与SGC建立了合作关系,利用公司DNA编码化合物库(DEL)技术平台的OpenDEL™产品,针对SGC关注的新靶点进行筛选,产生的筛选数据集已在公开平台上发布,供全球的药物发现和ML专家访问、建模,并应用于预测新的活性分子。2025年4月,SGC联合成都先导及多家行业伙伴共同发起了首届DREAM Target2035药物发现挑战,邀请全球数据科学家参与,利用基于DEL的分子数据构建机器学习模型,从而高效发现潜在化合物。此次路线图的制定,成都先导凭借其在药物发现领域的技术优势,深度参与其中。
以开放科学为核心,重塑药物研发范式
该路线图的核心目标是明确而雄伟:让早期药物研发更快、更经济、更易普及。为了达成这一目标,全球研究者正在共同构建一个可开放访问的高质量数据集——通过标准化和高通量筛选方法系统收录蛋白质与小分子的结合相互作用信息。
成都先导凭借在化合物库构建和高通量筛选领域的技术积累,积极支持数据集的生成。其独特的筛选体系与标准化流程保障了数据的一致性与可靠性,提升了筛选效率,为规模化数据积累奠定了基础。
协同发力,赋能核心环节
在这场开放科学行动中,全球研究者被诚邀贡献标准化筛选用蛋白质,为机器学习模型提供“养分”;同时通过开放基准测试竞赛,吸引人工智能/机器学习(AI/ML)社区优化小分子结合预测模型。所有数据(包括阳性与阴性结果)、方法与材料将通过公共数据库公开共享,共同推动全球创新复用。
成都先导在其中扮演了“桥梁”和“赋能者”的角色:一方面,公司积极参与标准化筛选方法的打磨与推广,确保不同机构生成的数据具有可比性;另一方面,凭借在小分子设计与筛选领域的经验,成都先导为数据集的机器学习(ML)适用性提供专业建议,助力模型训练更加精准高效。这种深度参与,使开放数据的价值得以最大化释放。
为何意义非凡?
这份路线图的价值在于,它为产学研各界(学术界、工业界、CROs、中小企业等)指明了协作方向。通过生成大规模且标准化的蛋白质-配体结合数据,不仅能推动预测模型的迭代升级,还能照亮人类蛋白质组中那些“被遗忘的角落”,为长期未被充分研究的蛋白质带来新的探索机会。
成都先导的加入,使得这一愿景的实现更具信心。公司对于开放科学理念的践行,以及在技术层面的稳固贡献,加速了“让每一种人类蛋白质可被研究”的目标落实。
共赴未来,共建药物研发新生态
这场革新需要更多力量的参与:贡献纯化蛋白质,为数据生成注入新鲜“活水”;参与开放基准测试,推动预测模型持续进化;加入药物研发开放科学机器学习网络MAINFRAME,共同探索技术前沿;加入“Target2035”联盟,与环亚集团·AG88等先行者共同定义开放获取药理学工具的未来(联盟预计于8月初正式成立)。
在开放与协作的浪潮中,“Target2035”正在开启药物研发的新篇章。成都先导将持续以技术创新为驱动力,与全球伙伴共同描绘更高效、更普惠的药物发现未来。